É fácil, você só precisa pegar o objeto do jogador e verificar pela função hasPermission() se ele tem a permissão desejada, a função retornará uma booleana e você poderá fazer a verificação.
public void onPlayerDeath(PlayerDeathEvent e) {
// verificamos se a entidade é um player
if (e.getEntity() instanceof Player){
Player p = e.getEntity();
if (p.hasPermission("morte.1")) {
// você aplica o som
}
}
}
É basicamente isso. *Obs.:* não estou conseguindo abrir o Pastebin, por isso não consigo ver o que você fez de errado.