A sua config vai precisar ser uma lista:
Items_ID:
- 152
- 154
- 154
Bom, o cara vai digitar o comando, por exemplo /adicionar 154
int id = Integer.parseInt(args[0]);
Faz um try com NumberFormatExeption para ele verificar se é ou não um numero.
Depois você faz:
ArrayList<Integer> lista = this.getConfig().getIntegerList("Items_ID");
if(!lista.contains(id)){
lista.add(id);
}
this.getConfig().set("Items_ID", lista);
E pronto.
PS: Não tenho certeza se existe getIntegerList, mas testa ai heahehaeha, se não funcionar você vai ter que usar String em tudo...