Cara isso é fácil, dentro do pex você deve definir o "tamanho" (weight) de cada grupo!
Exemplo
groups:
novato:
options:
weight: '49'
default: true
prefix: ''
permissions:
- gamersboard.user
rankI:
inheritance:
- novato
options:
weight: '48'
prefix: '&8[RankI]&f '
permissions:
- essentials.kits.rankI
rankII:
inheritance:
- novato
options:
weight: '47'
prefix: '&8[RankII]&f '
permissions:
- essentials.kits.rankII
vip:
inheritance:
- novato
options:
weight: '1002'
suffix: '&6[VIP]&f '
permissions:
- essentials.kits.vip
admin:
inheritance:
- novato
options:
weight: '2'
prefix: '&c[Admin]&f '
permissions:
- essentials.admin
dono:
inheritance:
- novato
options:
weight: '1'
prefix: '&5[Dono]&f '
permissions:
- essentials.*
Daí mano, é só usar um pouquinho o cérebro que tu consegue fazer o resto, dai grupos tipo, youtuber, ajudantes, vips (aqueles que vão pode dar rankup) é só colocar a tag no suffix