No craftbukkit e também no spigot, existe um comando que pode ajudar você a procurar os plugins que podem estar causando lag em seu Servidor.
Para fazer o teste do /timings faça o seguinte:
1- Vá até a pasta do seu Servidor e abra o arquivo *bukkit.yml*
2- Procure por *plugin-profiling* e troque para true caso esteja false.
Agora para iniciar os testes use o comando "/timings on" e deixe o Servidor ligado por cerca de 5~10 minutos.
Após fazer isto, use o comando "/timings paste" e dentro de alguns segundos irá aparecer 1/2 LINKS em seu chat.
Abra eles e você verá algumas informações sobre os seus plugins, mundos, mobs e outras coisas relacionadas ao seu Servidor.