Não acho uma má idéia, comecei assim também, porém não pode ficar dependente apenas de jd-gui, tem que ler documentações, ver videos e aprender o java em sí, porque se você começar e ficar agarrado só decorando métodos do bukkit, você não consegue ir além!
Eu gostava de pegar plugins de gringos, pra estudar no jd-gui, alguns BR's também, mas neh BR é BR, códigos BR é froids!