Assim ó meu bem:
File f = new File(getDataFolder(), "arquivo.yml"); //Aqui você bota o nome do arquivo e a extensão.
if(!f.exists()){ //Checar se existe o arquivo
saveResource("arquivo.yml", true); //Salvar o arquivo se ele não existir, vale lembrar que você precisa adicionar o resource no projeto.
}
YamlConfiguration yaml = YamlConfiguration.loadConfiguration(f);
yaml.getString blablablablalba...