Configura a prioridade de todos os grupos do NTE, que se não me engano, quanto mais perto do "0" for, maior é a prioridade, ou seja:
Dono - 1
Gerente - 2
VIP - 3
Membro - 4
O comando para configurar a prioridade deles in-game, é /nte group <group> priority <prioridade>.
Feito isso, da um /nte reload. Se isso não funcionar, se isso não funcionar, tenta mandar uma print da lista de permissões, de todos os grupos.