Ah Acho que entendi.
Então se eu quiser minuto Vai ser:
if (tempo < System.currentTimeMillis() + (60 * 1000)) // 1 segundo tem 1000 ms.......
mais tipo quando o sv reiniciar é resetado ? ( Igual scheduler )
@EDIT
Caso resetar, tem que salvar o System.currentTimeMIllis(), na config ?