Seu driver de áudio está atualizado?
Se não, instale o driver de áudio Realtek, ou algum de sua preferencia.
Dentro do Skype vá em Ferramentas > Opções > Configurações de áudio > Entrada de áudio, e selecione o seu microfone.
Certifique-se que o microfone está configurado corretamente nos demais programas.