Eu estava agoniado já ficava 5m só procurando projeto porque tenho mais de 200 projetos então pensei... Acho q se criar pastas e retirar alguns projetos vai ser melhor então foi o que fiz e nesse tópico irei ensinar como organizar em pastas assim:
1* deixem seu eclipse organizar tudo por Working Sets:
(essa imagem peguei tutorial)
2* Vá até new > Java Working Set:
3* Criem seu Working Set:
Coloque nome do WORKING SET, e passem para o outro lado os projetos de tal working set !
Depois caso queira adicionar mais a forma mais pratica que achei foi simplesmente arrastando os projetos para o Working Set !
Espero que ajude alguem
Atenciosamente,Alex