Usa o evento InventoryClickEvent, verifica se o inventário corresponde ao inventário que você quer bloquear o shift, depois verifica se ele clicou com shift (Usa o método isShiftClick: https://hub.spigotmc.org/javadocs/bukkit/org/bukkit/event/inventory/InventoryClickEvent.html#isShiftClick), se clicou com shift, cancela o evento.