Não vai. Como eu poderia garantir isso? A única coisa que posso oferecer é minha palavra.
Explicando melhor como funciona: não é o jar inteiro que é enviado pro servidor, mas sim as classes que você abrir, justamente porque o decompiler roda no servidor (em java). Não existe uma maneira de decompilar diretamente no cliente (browser) porque não existe nenhum decompiler que rode no lado do cliente....
Por via das dúvidas, é só não usar. Eu fiz esse site com o intuito de ser mais pratico do que ter que (baixar e) abrir um programa -- pra mim pelo menos, que sempre estou com o navegador aberto.
Eu ainda quero deixar o código aberto -- colocar no github --, mas antes preciso arrumá-lo (tá muito gambiarrado ainda).
Vlw