Ou
player.setArmourContents( bota, calça, peito, capacete )
Ou ao contrario, não lembro muito bem.
player.setArmourContents( capacete, peito, calça, bota)
Pra setar com cor usa isso...
ItemStack capacete = new ItemStack( Material.LEATHER_HELMET );
LeatherArmorMeta capaceteMeta = (LeatherArmorMeta) capacete.getItemMeta();
capaceteMeta.setColor(Color.RED);//cor
//Só fazer isso com o peito, calca, e bota...