Primeiro, vá até a parte de DNS do cloudflare.
Após isso você irá criar um apontamento tipo A com algum nome, exemplo: "servidor" para o endereço de IP: "127.0.0.1" (IP da máquina sem a porta).
Depois disso, você deverá criar um apontamento SRV com as seguintes informações:
Service name: _minecraft
Protocol: TCP
Name: jogar
2°
Priority: 0
Weight: 0
Port: (Porta do seu servidor, se for BungeeCord a porta do bungee).
Target: servidor.seudomínio.com.br("servidor" foi definido no tipo A lá no começo).
Ajudei?