Paper, este é o que mais é atualizado e é o mais usado em servidores hoje em dia, vou citar os pontos negativos dos outros abaixo.
Taco: projeto foi abandonado, não vai ter mais atualizações, e o que ele adiciona é muito pouco considerado o risco, então, esse não é recomendado.
Bukkit: Muito antigo e defasado, mal otimizado, essa é a última opção.
Spigot: é melhor que o bukkit, mas , o paper trás mais funções, versão instável e bem mais otimizado.