Esse BUG pode estar sendo causado por algum plugin como o WorldGuard ou alguma configuração do servidor. No caso do WorldGuard existem 2 flags que podem estar tirando o dano de queda. São elas:
-> invincible (deixa o player invencivel)
-> leaf-decay (remove o dano de queda)
Para remover este 'bug' é simples. Basta ir no mundo onde esta ocorrendo o 'bug' e digitar os seguintes comandos:
/rg flag __global__ invincible deny
/rg flag __global__ leaf-decay deny
Caso não funcione tente ver outros plugins ou tente outras configurações.