O que você está pedindo também é conhecido como 'cooldown'.
Para implementar isso, você precisará de um Map <String, Long>, que registra a última vez que um jogador usou seu comando (use o nome do jogador como a key do Map). Então, sempre antes de executar o comando, verifique a ultima vez em que o jogador executou, contra o horário atual (System.currentTimeMillis () é seu amigo aqui). Se a diferença for muito pequena, o 'cooldown' ainda não expirou, então envie ao jogador uma mensagem de erro e pare por aí. Se a diferença for grande o suficiente, prossiga com a execução do comando, lembre também de atualizar o último tempo em que o jogador executou o comando, mantendo sempre atualizado o jogador dentro do map.