se você ta desenvolvendo um plugin, a Bukkit já te da um método pra salvar o arquivo da sua resource.
la na sua classe Main você pode colocar algo parecido com isso.
File file = new File(getDataFolder(), "yourfile.yml");
if(!file.exists()) {
saveResource("yourfile.yml", false)
}
caso esteja querendo para algo fora da bukkit existe várias maneiras é só dar uma pesquisada.