Se for a schematic do worldedit tu vai ter que usar o método do worldedit a não ser que queira refazer tudo novamente.
Eu usei esse no meu plugin de terrenos...
public static void loadSchematic(World world, File schematicFile, Vector v)
{
try
{
EditSession es = new EditSession(new BukkitWorld(world), Integer.MAX_VALUE);
CuboidClipboard cc = CuboidClipboard.loadSchematic(schematicFile);
cc.paste(es, v, false);
cc.paste(es, v, false);
}
catch (DataException | IOException | MaxChangedBlocksException e)
{
e.printStackTrace();
}
}
CuboidClipboard.loadSchematic é obsoleto, mas só conheço esse.