Exemplo usando o BungeeChannelApi https://github.com/leonardosnt/BungeeChannelApi
BungeeChannelApi api = BungeeChannelApi.of(this); // this = Plugin instance.
// Enviar o comando
ByteArrayDataOutput out = ByteStreams.newDataOutput();
out.writeUTF("comando pra executar");
api.forward("nome do server", "execute_cmd", out.toByteArray());
// Isso tu adiciona no plugin que vai ficar em todos os servidores.
api.registerForwardListener("execute_cmd", (channelName, player, data) -> {
ByteArrayDataInput in = ByteStreams.newDataInput(data);
String command = in.readUTF();
Bukkit.dispatchCommand(Bukkit.getConsoleSender(), command);
});
Fiz aqui mesmo, na teoria deve funcionar, não testei.